Skype API

Ссылка на сабжевую документацию: http://developer.skype.com/accessories

Вариантов обмена данными со Skype в случае Linux по этому самому API как минимум несколько:

D-BUS messaging
X11 messaging

Про X-11 сказано следующее:

Note: X11 messaging is still under development. The final release of Skype for Linux API, version 1.3, will include examples of working with X11 and a description of the Skype action handler for X11.

Так что, D-Bus предпочтительнее.

А вот пару слов про запуск Skype без граф оболочки: http://forum.skype.com/index.php?showtopic=46154

А вот про установку Skype на Debian:

http://wiki.debian.org/skype

А вот и реализация клиентской библиотеки на Python: http://sourceforge.net/projects/skype4py/